La struttura secondaria di una proteina è la capacità di una proteina di assumere una struttura spaziale ripetitiva. Ne esistono di tre tipi e tutte hanno delle tipologie con geometrie ben definite e stabili nel tempo. Le strutture secondarie di una proteina possono essere: alfa elica, struttura beta o girate. Le più comuni, comunque, sono quella ad elica e quella a struttura beta. Nonostante le strutture secondarie siano poche, a partire da queste se ne possono formare un numero davvero molto elevato.