Spesso e volentieri i sintomi della celiachia sono generici e difficili da ricondurre a questa patologia. Tra quelli tipici, ma che non sempre si manifestano, ci sono: arresto della crescita durante il periodo dello svezzamento, gonfiore e tensione addominale, dissenteria, perdita di peso, umore altalenante, debolezza.

La celiachia atipica presenta sintomi come anemia e dermatite erpetiforme, mentre nella celiachia silente non si manifesta alcun tipo di sintomo e spesso la si scopre soltanto in età adulta e spesso per caso.