Le malattie tipiche del canarino sono: puntura di zanzara, soprattutto nelle zone peri-oculari e nelle zampe, che spesso possono avere un esito letale; micro-ascessi, provocati dallo stafilococco; turbe nervose e neurologiche, come meningismo, scoordinazione nei movimenti ed atassia; turbe del comportamento legate all’ambiente nel quale vivono o a carenze alimentari; la deplumazione, che può avvenire per acariasi oppure per parassitosi cutanea; la stipsi, per cause alimentari o climatiche se il canarino è esposto a freddo improvviso; eczema; zampe arrossate; eccessiva crescita di becco e unghie.