La magnetoterapia può avere delle controindicazioni: devono essere tenuti lontani da persone con impianti di tipo elettrico o pacemaker, da donne in gravidanza, da distributori transdermici di farmaci perché potrebbe alterare la quantità somministrata, dalla testa.

Inoltre non va usato il polo positivo nel pronto soccorso e comunque per più di 30 minuti, non va usato il polo negativo durante attacchi di asma perché potrebbe contrarre i muscoli e bisogna attendere dai 60 ai 90 minuti dopo aver mangiato prima di poter avvicinare i magneti all’addome.